Diese Rasse ist schon sehr alt, sie stammt vermutlich direkt von dem Nordeuropäischen Wildpferd ab. In den vielen Jahrhunderten ihrer Zuchtgeschichte ist sie kaum von anderen Rassen beeinflusst wurden, dagegen war sie bei der Züchtung der Tori und des Vyatka beteiligt.Die ersten schriftlichen Aufzeichnungen diese Rasse stammen aus dem 11. Jahrhundert. Bereits im 12. bis 13. Jahrhundert gelangten Pferde dieser Rasse über Nowgorod nach Russland, dort überzeugten sie mit ihrer hohen Arbeitsqualität und Anpassungsfähigkeit. Im 13. Jahrhundert wurde diese Rasse als Kriegspferd genutzt, in dem russisch-schwedischen Krieg lernte Zar Peter I. diese Rasse zu schätzen und importierte sehr viele Tiere nach Russland. Bis in das 18. Jahrhundert wurden nur Pferde dieser Rasse von den Landwirten in den Estnischen und livonischen Provinz eingesetzt. Zu dieser Zeit waren die Pferde in Russland aufgrund ihrer großen Zugkraft, Ausdauer und Gutmüdigkeit bekannt.
Einflüsse
Durch die enge Nachbarschaft zu Finnland kamen einige Finnische Klepper bei der Zucht zum Einsatz, durch sie kamen wahrscheinlich ein etwas kompakterer Körperbau und vielseitigen Fellfarben. Mit der Zeit stiegen die Ansprüche an Arbeitspferde und es wurden daher zum Teil andere Rassen eingekreuzt, um Stärke und Größe der Pferde zu erhöhen. Die ersten Aufzeichnungen über diese Einkreuzung stammen aus dem Jahr 1856 im Gestüt Tori. Es wurden Ardenner und andere Rassen für die Zucht eingekreuzt, aus den besten dieser Nachkommen entwickelte sich später der Tori.
Das Interesse an reinrassigen Estnischen Kleinpferd sank sehr stark, da diese Pferde die Arbeiten in der Landwirtschaft nicht mehr gut genug erfüllen konnten, aber im Jahr 1921 wurde trotzdem das erste Stutbuch in Haapsalu eröffnet. Durch die Einkreuzung von 13 Finnpferde und einen Araber versuchte man von 1921 bis 1938 die Größe und Gewicht der Pferde zu erhöhen. Die wichtigsten Finnpferdhengste waren „Vuhti 136E“, „Taru 149E“ und „Lari 23E“ und als die besten Vererber des Estnischen Kleinpferds gelten „Ahti 228E“, „Raspel 70E“, „Taube 60E“ und „Eni 8E“. Heute werden diese Tiere vor allem auf den Inseln Saaremaa, Hiiumaa und Muhu von etwa 50 Haltern gezüchtet, aber die Population beläuft sich nur auf etwa 1.000 Tiere. Inzucht
Durch die geringe Population spielt bei der Rasse die Inzucht eine Rolle, es gibt einen durchschnittlichen Inzuchtkoeffizienten von 3,12%. Trotz dieses hohen Koeffizienten gibt es bisher keine Auswirkungen auf die Rasse, es gibt keine ungewöhnlich hohen Verfohlungen, Behinderungen oder Erkrankungen der Tiere. Der Siegerhengst der Ausstellung für Agrikultur der UdSSR 1984, „Askar“, wies sogar 18% auf. Gegenwart
Die Pferde werden heute vor allem in der Landwirtschaft, als Kinderreitpony und im Tourismus in Estland und Finnland („Eestinhevonen“) genutzt, dort können sie durchaus überzeugen da sie sehr vielseitig veranlagt sind. Für Freizeitreiter ist zudem mit Sicherheit ihre hohen Gesundheit und Langlebigkeit von Interesse, sie besitzen zudem einen weitgreifenden Schritt und Trab. Es kommt leider immer wieder zu leichten Fehlstellungen und Senkrücken bei den Tieren, aber ihre Reitqualität wird davon nicht negativ beeinflusst.
