Die Rasse gibt es schon seit mehreren Jahrhunderten und ist wegen ihres Hauptgestütes "Karatschaevski" auch als Karatschaewsker bekannt, in ihrer Heimat ist der Name Karachaier sehr gebräuchlich. Ihre Heimat hat die Rasse in dem Gebiet Karatschai in Sibirien, die Hochweiden am Oberlauf des Kuban und seiner Nebenflüsse.Im 14. Jahrhundert wurde erstmals über die Kreuzung der einheimischen Pferde der Steppen-völker mit orientalischen Rassen berichtet und die sehr guten Bergpferde erwähnt. Auch werden in dieser Zeit immer wieder Nogaier (Nogajer) Stuten nach Karatschai gebracht. Die Rasse wurde von den Züchtern entsprechend der Anforderungen an ein gutes Reitpferd und aus-dauerndes Kriegspferd selektiert.
Aufschwung
Im 17. Jahrhundert wird die Rasse erstmals schriftlich erwähnt, aus dem 18. und 19. Jahrhundert stammen die ersten genauen Beschreibungen der Rasseneigenschaften. Die Rasse verbreitete sich im 19. Jahrhundert auch außerhalb des Kaukasus und war aufgrund seiner Geländegängigkeit und Ausdauer bald bekannt. Die Pferde waren vor als Kavalleriepferde gefragt und viele Kosakenvölker waren mit diesen Pferden beritten.Bis zu Beginn des 20. Jahrhundert wurde ihre Zucht ausgeweitet und bis zu 10.000 Tiere jährlich aus dem Kaukasus ausgeführt. Aufgrund ihrer Verbreitung und Eignung wurde die Rasse als eine der ersten einheimischen Rassen in der Sowjetunion weitergeführt und züchterisch gefördert, es sollten Reiteignung, Fruchtbarkeit und Größe verbessert werden.
Das staatliche Zuchtgestüt "Karatschaevski" wurde 1927 gegründet, während des zweiten Weltkriegs hieß es "Stalin" und in den 1960er "Malakaratschaevski". Die Rasse wurde im 1. Band des staatlichen Zuchtbuches für Bergepferderassen, neben den Kabardiner, geführt und bis 1937 verbesserte sich seine Qualität sehr stark.
Niedergang
Infolge der Wirren des Zweiten Weltkrieges wurde das Volk der Karatschaever 1943 nach Mittelasien umgesiedelt und seine Pferderasse in die Kabardiner eingegliedert. Die meisten Hengste wurden in der Kabardiner Zucht eingesetzt und drei Kabardiner Hengste bei den Karatschaever. So ist ein Anteil von 15% Karatschaever Blut bei den Kabardiner aber nur 2% Kabardiner Blut bei den Karatschaever zu finden.Bereits Ende der 1950er wurden in den heimatlichen Zuchtbetrieben Karatschaevo- Terkessiens keine Kabardiner mehr in der Zucht eingesetzt. Erst seit 1983 gilt die Rasse wieder als eigenständig und wird im Band V des staatlichen Zuchtbuches in einem gesonderten Abschnitt geführt.
Hengstlinien
In der Rasse gibt es acht Haupthengstlinien:
Der Rapphengst Dauzus ist einer der Stempelhengste dieser Rasse, seine Nachkommen erbten gute Konstitution und Massigkeit, hohe Fruchtbarkeit und Leistungsfähigkeit. Man propagierte in dieser Linie sehr oft die Inzucht, negative Auswirkungen sind nicht bekannt.
Die Rasse ist besonderst für Distanzritte geeignet, denn die Pferde sind sehr ausdauernd und dabei genügsam. Einige Tiere verfügen zudem über einen Passähnlichen Gang, er ist sehr bequem zu sitzen. Die Rasse ist aber wegen seines guten Charakters und Allroundereignung vor allem für Freizeitreiter interessant.