Es gibt Aufzeichnungen über die Ponys der Kiso Region im Nagano Präfekt aus Anfang es 6. Jahrhunderts, diese Ponys stammen wahrscheinlich von den zu der Zeit von Christies Geburt nach Japan gelangten Mongolenponys ab. Die Region war berühmt für ihre Pferdezucht, es sollen 10.000 Kavalleristen für die Armee von Kiso Yoshinaka in der „Genji und Heike Schlacht“ im Jahr 1195 gekämpft haben. Im Jahr 1560 wurden die Pferde ebenfalls erfolgreich von dem Befehlshaber Oda Nobunaga in der Okehazama Schlacht eingesetzt. Untergang
Während der Meiji Ära (1868-1903) wurden die Kiso Ponys mit vielen westlichen Pferde gekreuzt und die ursprüngliche Ponys gingen verloren. In der Zeit des Zweiten Weltkriegs wurde ein Regierungsprogramm herausgebracht, welches die Kastration aller Kiso Hengsten vorschrieb und nur sehr wenige Hengste konnten dem Programm entkommen. Dies übte einen starken Einfluss auf die Zucht aus, andere Rassen wurde durch die Bauern weitergezüchtet da es Wirtschaftspferde waren aber das Kiso Pony galt als Kriegspferd und es fanden sich nur sehr wenige Bauern zur Weiterzucht der Rasse.
Rettung
Das Überleben der Rasse ist hauptsächlich einem einzelnen Hengst zu verdanken, dieser wurde in einem Shinto Schrein gehalten und entkam der Kastration. Dieser Hengst namens „Shinmei“ und eine Stute mit dem Namen „Kayama“ brachten im Jahr 1951 ein Fohlen mit dem Namen „Dai-san Haruyama“ zur Welt, es war das letzte reinrassige Kiso Pony.Gegenwart
Die heutigen Kiso Ponys stellen Rückzüchtungen der Rasse dar, es sind vor allem Nachkommen von „Dai-san Haruyama“ und anderen Kiso Ponys. In Japan gibt es einige spezielle Farmen in den das Kiso Pony weiter gezüchtet wird, die Ponys sollen dem Tarpan oder Przewalski ähneln und einen Aalstrich aufweisen.
Die Rasse wird heute in dem Kaida Mura Gebiet von Kiso bewahrt. Es gibt zurzeit nur noch etwas über einhundert Kiso Ponys, sie werden oft bei Prozessionen in der Region oder als Kinderreitpony eingesetzt.
