Diese Pferde stammen wie fast alle japanische Ponyrassen ursprünglich von dem chinesischen Mongolenpony ab, welche vor zweitausend Jahren über Korea nach Japan kam. Die direkten Vorfahren dieser Rasse kamen wahrscheinlich 1890 in die Kagoshima Region, damals wurden 24 Pferde von Kikai Shima nach Kyushu in dieser Region gebracht. Im Jahr 1897 wurden zudem zehn Ponys durch Bewohner der Kitaiga Insel nach Takara (nicht Tokara) gebracht, diese Inseln gehören zu der Tokara Inselgruppe. Diese Pferde wurden in der Landwirtschaft, zum Transport schwerer Lasten und zur Verarbeitung von Zuckerrohr verwendet. Die Pferde wurden auf der Tokara Insel und in der Umgebung von Kyushu gezüchtet und breiteten sich von dort in der gesamten Kagoshima Region aus. Im Jahr 1943 war der damalige Höhepunkt der Zucht und weit über einhundert Tiere bevölkerten die Insel.
vor der Ausrottung
Der Zweite Weltkrieg führte fast zum Aussterben dieser Rasse, nur wenige Tiere überlebten. Im Jahr 1950 wurde die Rasse durch Dr. Shigeyuki Hayashida wieder entdeckt, er fand eine Gruppe kleiner Ponys an der Südseite der Tokara Insel und er nannte sie Tokara Ponys. Die Pferde sind heute durch sehr gute Selektion und Zucht größer als die ursprünglichen mit maximal 110 cm Widerristhöhe.Gegenwart
Zum Erhalt der originalen Zuchtmerkmale wurden einige Tiere nach Nakanoshima auf der Tokara Insel gebracht. Dort leben sie das ganze Jahr in völliger Freiheit und werden nur zur Kontrolle einmal im Jahr eingefangen. Der Kagoshima Präfekt erklärte die Ponys zu bedeutenden Nationalmonumenten und sendete einige Tiere während schlechter Futterbedingungen auf das Festland. Heute sind verschiedene Einrichtungen an der Zucht dieser Rasse beteiligt, zu diesen gehören die Kagoshima Universität, die Iriki Ranch, der Kaimon National Park, und die Nakano Island in der Tokara Inselgruppe. Der Bestand beläuft sich heute auf mehr als 100 Tiere und die Zucht wird streng und kontrolliert fortgesetzt, aufgrund ihrer Herkunftsregion werden sie auch Kagoshima Ponys genannt.
