Diese Rasse stammt von der Yonaguni Insel, deren Vorfahren waren wahrscheinlich Ponys welche aus China über Korea vor zweitausend Jahren nach Japan gelangten. Dies geschah vor etwa zweitausend Jahren und das war bevor die ersten Japaner auf diese Insel kamen, es gibt daher auch Theorien mit Kublai Khan als Pferdeimporteur auf diese Insel. Professor Ken Nozawa der Kyoto Universität behauptet 1983 den genetischen Code der Rasse entschlüsselt und eine nahe Verwandtschaft mit dem Koreanischen Cheju Pony entdeckt zu haben. Inwieweit dies stimmt ist nicht klar, aber die Rasse zeigt andere Merkmale als die Rassen mit Mongolenponys als Vorfahren (z.B. Hokkaido Pony) denn die Ponys sind kleiner aber viel eleganter gebaut.Einflüsse und Mechanisierung
In Japan begann man von 1906 bis 1939 mit der Einkreuzung westlicher Rassen in fast allen heimischen Ponyrassen, damit sollte größere Pferde für den Kriegseinsatz gezüchtet werden. Die Pferde der Yonaguni Insel wurden aber nicht mit einbezogen, damit wurde der originale Typ erhalten. Mit der immer stärkeren Verbreitung der Technisierung in der Landwirtschaft wurden die Pferde dort ersetzbar und alle Bestände der Ponyrassen Japans wurden drastisch reduziert.Gegenwart
Es sind sehr kleine aber starke Pferde, welche sehr vielseitig eingesetzt werden. Es gibt heute nur noch zwei Herden mit insgesamt etwa einhundert Tieren, die Pferde leben völlig frei auf der Insel und werden nur einmal jährlich zu Kontrollen und vorbeugenden Behandlungen eingefangen. Die Bewohner der Insel haben für ihre Ponys eine eigene Zäumung entwickelt, das „Omogui“ benötigt nur einen Zügel für die Pferdeführung. Die Pferde werden heute für die Touristen gehalten und dienen als Freizeitpferde.
